问:细胞信号网络中的蛋白有没有是因为通过计算而预测到的?

细胞信号网络中的蛋白有没有是因为通过计算而预测到的?

答:细胞信号网络中的蛋白有没有是因为通过计算而预测到的?

Tang Boyun这个人很馋,什么都没留下:已知节点,预测边,这种算法是有的。没有既要预测节点,又要预测边的算法,添加新的节点必然要添加新的边。

孙逸伦Postdoctoral fellow at NIH/NCI:判断是否有未知的信号蛋白参与一个途径或者通路,一般的常用的方法有酵母双杂交,ChiP等等。以某些蛋白的泛素蛋白酶体途径为例,其他的类泛素化途径信号蛋白如sumo连接酶和Nedd8连接酶都有参与,这些连接酶的发现实际上是通过杂交或者共沉降实验发现的candidates或者是用遗传学方法做基因敲除后做药物敏感性实验发现的。因为这些途径的信号蛋白多数为协同工作蛋白,人们之前认为最早发现的单一途径(此处指泛素化途径)是唯一的信号途径,后续的发现才让人们认识到这并非是一个单一的线性途径而是庞杂的信号网络。但是通过计算预测的我没有听说过,不过,据我所知,如蛋白酪氨酸激酶6的底物有一些是在细胞核中,磷酸化后需要转移到胞浆发挥后续效应。具体是什么蛋白介导的磷酸化底物从核浆到胞浆的转运,人们还没有研究。所以按照你的思路,我们足以判断,胞浆有某种蛋白一定参与到这个磷酸化途径以转运该底物,譬如有可能是泛素及其多个连接酶。

风城纪事北冥有鱼,北冥无鲲;风城有风,风城无人。:

目前就我所知还没有,对蛋白网络的建模实在还处于比较糙的阶段,并不像牛顿力学那样强大。现在的情况是,即使知道足够多的蛋白相互作用,我们可能都无法建立足够好的模型来预测干细胞的分化,更遑论对比经验模型和理论模型。


enyang2012混在工科男中的生物狗目前应该是没有,但随着KEGG这种数据库对各种信号通路的建立和完善,或许以后的某一天我们可以通过计算而预测到蛋白

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问题:细胞信号网络中的蛋白有没有是因为通过计算而预测到的?
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为什么细胞许多执行功能的机制要通过蛋白质磷酸化修饰来进行?
没有了